ATAC測序

大多數基因組中的染色質都緊緊盤繞在細胞核內,但也有一些區域經染色質重塑后呈現出松散的狀態,這部分無核小體的裸露DNA區域被稱為開放染色質(open chromatin),而DNA復制和基因轉錄都發生在這些區域。染色質的這種特性叫做染色質的可接近性(chromatin accessibility),通過研究細胞特定狀態下開放的染色質區域可以在DNA水平上了解其轉錄調控,ATAC-seq就應用于此。

ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,染色質易開放區域測序)利用Tn5轉座酶切割染色質的開放區域,并加上測序引物進行高通量測序,通過生物信息分析鑒定轉錄因子結合位點和核小體區域位置,從而為研究基因調控、DNA 印記等提供有效的方法。

應用領域
表觀遺傳:開放染色質圖譜、核小體定位、轉錄因子結合位點分析
預測疾病分子標志物
環境脅迫
疾病發病機制

技術路線

分析內容
標準信息分析
(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結果)
1  測序評估: 測序質量評估、堿基組成與質量分析、過濾信息統計
2  比對分析:比對基因組統計、Reads在染色體上的分布、插入片段大小分布
3  Peak分析:Peak calling、Peak長度分布、Peak深度分布、Peak富集倍數分布
4  Peak注釋:Peak 相關基因分析、Peak在基因功能元件上的分布、Peak相關基因的GO/Pathway功能富集分析
5  TF-motif 分析
6  核小體定位分析
7  多樣品間的差異peak分析:樣品相關性分析、差異peak統計、差異peak在基因功能元件上的分布、差異peak相關基因分析、差異peak相關基因GO/KEGG功能富集分析

樣品要求
樣本類型:來源于培養細胞、全血及動植物組織的細胞樣本;
推薦生物學重復數量:2-4個
起始細胞量:≥50000個細胞

項目周期
標準流程完成時間為50個工作日

參考文獻
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